Người phổ nhạc bài này là nhạc sĩ Phạm Duy, tuy nhiên về nguồn gốc bài thơ được phổ, suốt một thời gian dài từ khi ra đời nó đã là một nghi vấn.

Đầu tiên là vấn đề bản quyền. Theo Nguyễn Trọng Tạo, trong các bản in ban đầu, nhạc sĩ Phạm Duy ghi tên tác giả bài thơ là "Vô danh", khiến cho dư luận thắc mắc, báo chí đặt câu hỏi, có báo còn đưa tin Linh Phương sẽ kiện Phạm Duy ra tòa[cần dẫn nguồn]. Sau một thời gian Phạm Duy mới gặp Linh Phương để trả tiền tác quyền. Từ đó những bản in của Phạm Duy mới ghi tên tác giả phần lời là Linh Phương.

Nhưng Linh Phương là ai thì người ta chỉ đoán là một anh lính nào đó, còn sống hoặc đã mất, không những thế còn có nhiều người tự nhận là Linh Phương[1]. Còn có ý kiến cho rằng bài thơ gốc là bài "Kỷ vật" của chuẩn úy Nguyễn Đức Nghị, bút danh Chuẩn Nghị xuất thân từ khóa 26 sĩ quan Trừ Bị Thủ Đức, người này đã hy sinh vào năm 1969.

Không chỉ là nghi vấn về tác giả, người ta còn đưa ra 2 văn bản được cho là "bài thơ gốc", hai văn bản này khác nhau nhiều nhưng đều có phần mở đầu là:

Em hỏi anh bao giờ trở lạiXin trả lời mai mốt anh về

Tuy nhiên, về văn bản, bài "Kỷ vật" của Chuẩn Nghị thì làm bằng thể thơ tự do còn "Để trả lời một câu hỏi" của Linh Phương làm bằng thể thơ thất ngôn. Nội dung cả hai bài cùng nói về sự mất mát của chiến tranh và nhiều hình tượng như trong bài "Kỷ Vật Cho em" đã được phổ nhạc, nên người ta đã sinh lưỡng lự trong việc xác định danh tính tác giả.

Đến năm 2006, mọi việc dần sáng sủa khi tạp chí mạng Văn nghệ Sông Cửu Long cho đăng loạt bài khẳng định rằng bài này là của Linh Phương, và trong thời gian này chính nhà văn Linh Phương cũng đã viết hồi ký của mình và về bài thơ, nhận làm tác giả của bài.[2] Ông nói về những lộn xộn về nguồn gốc của bài trước kia:

Sự kiện " theo đóm ăn tàn " này không phải là mới xảy ra, khi trước năm 1975 vẫn có những người tự xưng Linh Phương tác giả Kỷ Vật Cho Em. Tôi không hiểu nổi vì sao họ thích mình là tác giả một bài thơ, vì thích hay tham vọng như thế có cần phải đánh đổi cái liêm sĩ, tự trọng của một con người hay không?.[1]